עו"ד יגאל דותן, אחד מעורכי הדין המייצגים את מרואן ברגותי, טוען בראיון לעיתון הבריטי "הגרדיאן" כי ברגותי מוחזק בכלא בבידוד (הפרדה) בתא צפוף וחשוך ומבלי שניתן טיפול הולם לפציעות מהן הוא סובל ואשר נגרמו, לטענתו, כאשר נגרר ע"י הסוהרים בעודו אזוק בידיו.
עוד טוען עו"ד דותן כי בתאו של ברגותי דולק האור לאורך כל היממה, מה שהופך את השינה לכמעט בלתי אפשרית. "מנטלית, ברגותי אדם חזק מאוד", אומר דותן, "אבל פיזית המצב שלו מידרדר. אפשר לראות את זה. הוא מתקשה לראות בעין ימין כתוצאה מאחת התקיפות. הוא ירד במשקל, הוא לא נראה טוב. לא תזהו אותו אם תשוו את המראה הנוכחי שלו לתמונות הידועות שלו", הוסיף.
לפני מספר חודשים עתרו עורכי הדין אביגדור פלדמן, חיים יצחקי ויגאל דותן לבג"צ, מטעם בני משפחתו של ברגותי, בטענה להתעללות פיזית לכאורה מצד הסוהרים. אלא שהעתירה נדחתה כי "לפונים (עורכי הדין) אין קשר עם העותר (ברגותי) וגם לא ייפוי כוח, הם פועלים מכוח פניה של צד שלישי" (העתירה החדשה לבג"ץ למען מרואן ברגותי: אירוניה מרה בימי מלחמה).
ברגותי שפוט לחמישה מאסרי עולם מצטברים ועוד 40 שנות מאסר על מעשי טרור, שאותם הוביל, בהם נרצחו חמישה ישראלים ונפצעו רבים.
ברגותי היה אחד ממנהיגי האינתיפאדה הראשונה ב-1987, והוביל עצרות ענק כנגד השלטון הישראלי ביהודה ושומרון.
במהלך ההתקוממות נעצר על ידי ישראל וגורש לירדן, שם שהה שבע שנים עד שהותרה חזרתו במסגרת הסכמי אוסלו בשנת 1994. ב-1996 נבחר למועצה המחוקקת הפלסטינית, ושם תמך בשלום עם ישראל, ולעיתים הגיע לקונפליקט עם יאסר ערפאת. תפקידו הרשמי של ברגותי היה המזכיר הכללי של ארגון הפת"ח בגדה.
תפקידו כמנהיג גדודי חללי אל-אקצא הפך את ברגותי למבוקש בכיר. הוא התחמק מניסיון לערוך בו סיכול ממוקד בשנת 2001. ב-15 באפריל 2002, במהלך מבצע חומת מגן, נתפס בשכונת אל-טירה ברמאללה על ידי כוח צה"ל, הועמד לדין וכאמור נידון לחמישה מאסרי עולם. לבידוד הוכנס עוד בתחילתה של מלחמת "חרבות ברזל" (חשיפה: בכיר אסירי פת"ח, מרואן ברגותי, מוחזק בבידוד בכלא מזה כשבוע).
ברגותי מקובל על חמאס ונחשב למי שיכול לאחד את כל הפלגים הפלסטינים. לאחרונה, כאשר שבה ועולה מדי פעם האפשרות לעסקה נוספת עם חמאס לשחרור חטופים, מוזכר שמו של ברגותי כמי שיעמוד באחד המקומות הראשונים ברשימת המחבלים שחמאס ידרוש לשחרר. דווקא ברשות הפלסטינית יש מי שמתנגדים לשחרורו, מאחר והוא נחשב למועמד המוביל לרשת את אבו מאזן.
